肝胆外科常规开展肝癌、胆管癌、肝门部胆管癌、胆囊癌、胰腺癌、复杂肝内外胆道结石、重症胰腺炎、门脉高压症等的诊治，常规开展肝叶段切除术、胆囊癌根治术、胰十二指肠切除术、保留脾脏胰腺体尾部切除术、巨脾切除术、脾切+断流术、腹腔镜肝切除术、先天性胆总管囊肿切除RUO-EN-Y胆肠吻合术等手术。
血管外科创建于2014年，独立成科于2020年，以血管腔内微创介入治疗和血管开放手术为专科特长，血管外科作为全国静脉疾病规范化诊疗中心省级示范中心、昆山市静脉血栓防治联盟主席单位、昆山市静脉血栓防治基地，承担昆山市静脉血栓栓塞疾病的诊治工作。尤其在主动脉夹层、胸腹主动脉瘤破裂、颈总动脉横断、颈静脉破裂、肺栓塞等血管外科危重患者的抢救方面具备强大实力。
胃肠外科创建于2007年，2017年独立病区。以腹腔镜微创手术为特色，常规开展腹腔镜下胃癌根治术、腹腔镜下结直肠癌根治术、超低位直肠癌保肛手术（ISR）等先进术式，并积极开展覆盖全部胃肠肿瘤患者的多学科诊疗（MDT），探索胃肠道肿瘤的双镜联合治疗。
肛肠外科创建于2002年。科室常规开展：肠镜检查；结、直肠癌根治术（含腹腔镜）；极限保肛术，如超低位直肠癌精准功能保肛术（PPS）；各类痔病、肛周脓肿、肛瘘及肛裂的微创治疗，如各类吻合器痔切除术、超声引导下痔血管缝**，内痔套**，内痔硬化剂注射治疗术，内镜下内痔套**，括约肌间瘘管**术（LIFT），肛瘘镜治疗肛瘘等；结肠水疗，肛门直肠测压，盆底生物反馈治疗，炎症性肠病中西医结合治疗。
甲乳外科常规开展乳腺癌、乳腺增生、乳头溢液、浆细胞性乳腺炎、副乳房、甲状腺良、恶性肿瘤等乳腺、甲状腺疾病的规范诊治，对乳腺病损切除、乳腺脓肿切开、乳腺癌改良根治、甲状腺腺瘤切除、颈部淋巴结清扫等技术有较深的造诣。在外科治疗的基础上，与多学科开展密切合作，是目前昆山市唯一具备精准策略化医疗的甲状腺疾病、乳腺疾病一站式服务中心。
急诊外科致力于外科急腹症、胸腹部创伤的救治工作，开展普外科急诊手术，特别是对梗阻性肠病、肠瘘、晚期胃肠肿瘤并发症、重症胰腺炎、胆石症、消化道穿孔、多发伤等外科急危重症患者形成规范的救治流程，提高危重患者的救治成功率。
