1. 咳嗽变异性哮喘：慢性咳嗽最常见的病因之一，亦是一种特殊类型的哮喘。

咳嗽是其唯一或主要临床表现，夜间明显。患者无明显喘息、气促等症状或体征，但存在气道高反应性。

2. 嗜酸粒细胞性支气管炎：患者主要表现为慢性刺激性咳嗽，干咳或咳少许白色黏液痰，多为白天咳嗽。

接触油烟、灰尘、异味或冷空气易诱发咳嗽。患者无气道高反应性，但痰嗜酸粒细胞百分比增高。

3. 胃食管反流性咳嗽：因胃酸和其他胃内容物反流进入食管，导致以咳嗽为突出表现的临床综合征。

40%-68%的胃食管反流性咳嗽患者可伴反酸、胸骨后烧灼感及嗳气等典型反流症状，但也有不少患者以咳嗽为唯一症状。

4. 上气道咳嗽综合征（鼻后滴流综合征）：由于鼻部疾病引起分泌物倒流至鼻后和咽喉等部位，直接或间接刺激咳嗽感受器，导致以咳嗽为主要表现的临床综合征。

5. 变应性咳嗽：某些慢性咳嗽患者具有特应质（存在过敏史或者过敏原检查阳性），痰嗜酸粒细胞比例正常，无气道高反应性，此类咳嗽提示是变应性咳嗽。

6.其他：慢性咳嗽的少见、罕见病因包括躯体性咳嗽综合征、心理性咳嗽、抽搐性咳嗽、心律失常相关咳嗽等。